本學院設置航海系、輪機工程系、海洋休閒觀光系及海洋運動休閒系(含碩士班)等四系，旨在培養海洋相關航業、休閒、運動及觀光產業之專業人才。

本學院下轄四系一中心，分別為航海系、輪機工程系、海洋休閒觀光系(含碩士班)、海洋運動休閒系及海洋休閒發展中心。本學院在院務運作上置學院長一名，行政人員一名，由各系系主任及專任教師組成院務會議、群教評及院課程委員會議等。各會議均定時或依需要召開以決定學院重大事務，各系推派教師擔任委員並依專長及任務需要分擔專責工作窗口。

本學院為本校之三個院群之一，主要係配合「國家海洋政策綱領」之「政府推動以國家發展為導向之海洋科學研究，引導各級水產、海事、海洋教育發展，以利海洋人才培育」之海洋政策主張，及教育部訂定之「海洋教育政策白皮書」第六章推展策略(二)：一、教育目標「培育海洋觀光遊憩活動與休閒漁業技術及管理人才」；及第七章推展策略(三)：發展海洋思維的社會教育，二、具體行動策略(八)加強全民海洋遊憩活動之教育訓練之等發展策略，以位於士林校區具有水域遊憩特色教學環境，透過海事及觀光遊憩各種課程與教學，培育航海、輪機及海洋休閒運動、觀光等海事及觀光休閒產業界所需優質人才，以提升國家海洋產業競爭力。